MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A chromosome

Total Repeats: 103333

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010717	GATG	2	8	44	51	25 %	25 %	50 %	0 %	188574271
2	NC_010717	CCCG	2	8	89	96	0 %	0 %	25 %	75 %	188574271
3	NC_010717	GCA	2	6	400	405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574271
4	NC_010717	GCC	2	6	420	425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574271
5	NC_010717	TGT	2	6	475	480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	188574271
6	NC_010717	GCA	2	6	484	489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574271
7	NC_010717	CGG	2	6	520	525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574271
8	NC_010717	TTC	2	6	585	590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	188574271
9	NC_010717	GAT	2	6	596	601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	188574271
10	NC_010717	CAG	2	6	648	653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574271
11	NC_010717	CGA	2	6	671	676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574271
12	NC_010717	TTC	2	6	684	689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	188574271
13	NC_010717	TTC	2	6	717	722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	188574271
14	NC_010717	GCC	2	6	748	753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574271
15	NC_010717	ATC	2	6	759	764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574271
16	NC_010717	CG	3	6	784	789	0 %	0 %	50 %	50 %	188574271
17	NC_010717	GTCG	2	8	839	846	0 %	25 %	50 %	25 %	188574271
18	NC_010717	CGAT	2	8	847	854	25 %	25 %	25 %	25 %	188574271
19	NC_010717	CCG	2	6	855	860	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574271
20	NC_010717	CGA	2	6	923	928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574271
21	NC_010717	AAG	2	6	948	953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	188574271
22	NC_010717	GC	3	6	982	987	0 %	0 %	50 %	50 %	188574271
23	NC_010717	TGG	2	6	997	1002	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574271
24	NC_010717	CG	3	6	1003	1008	0 %	0 %	50 %	50 %	188574271
25	NC_010717	GC	4	8	1070	1077	0 %	0 %	50 %	50 %	188574271
26	NC_010717	ACT	2	6	1123	1128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574271
27	NC_010717	GCCG	2	8	1257	1264	0 %	0 %	50 %	50 %	188574271
28	NC_010717	ACCAC	2	10	1267	1276	40 %	0 %	0 %	60 %	188574271
29	NC_010717	TGC	2	6	1279	1284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574271
30	NC_010717	TGCC	2	8	1286	1293	0 %	25 %	25 %	50 %	188574271
31	NC_010717	CCTG	2	8	1728	1735	0 %	25 %	25 %	50 %	188574272
32	NC_010717	GGAC	2	8	1764	1771	25 %	0 %	50 %	25 %	188574272
33	NC_010717	CG	3	6	1812	1817	0 %	0 %	50 %	50 %	188574272
34	NC_010717	GGA	2	6	1827	1832	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	188574272
35	NC_010717	ACC	2	6	1849	1854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	188574272
36	NC_010717	CCCG	2	8	1858	1865	0 %	0 %	25 %	75 %	188574272
37	NC_010717	GC	3	6	1884	1889	0 %	0 %	50 %	50 %	188574272
38	NC_010717	CTGC	2	8	1978	1985	0 %	25 %	25 %	50 %	188574272
39	NC_010717	CCGT	2	8	1996	2003	0 %	25 %	25 %	50 %	188574272
40	NC_010717	GTG	3	9	2029	2037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574272
41	NC_010717	CAG	2	6	2089	2094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574272
42	NC_010717	CTA	2	6	2103	2108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574272
43	NC_010717	CTG	2	6	2119	2124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574272
44	NC_010717	TGC	2	6	2144	2149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574272
45	NC_010717	GGC	2	6	2209	2214	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574272
46	NC_010717	ATC	2	6	2227	2232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574272
47	NC_010717	GCT	2	6	2256	2261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574272
48	NC_010717	TGCG	2	8	2438	2445	0 %	25 %	50 %	25 %	188574272
49	NC_010717	GC	3	6	2454	2459	0 %	0 %	50 %	50 %	188574272
50	NC_010717	CGAA	2	8	2471	2478	50 %	0 %	25 %	25 %	188574272
51	NC_010717	AAG	3	9	2546	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	188574272
52	NC_010717	CGA	2	6	2586	2591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574272
53	NC_010717	CAG	2	6	2706	2711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574272
54	NC_010717	TCG	2	6	4036	4041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574273
55	NC_010717	CAA	2	6	4187	4192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	188574273
56	NC_010717	TGGAA	2	10	4218	4227	40 %	20 %	40 %	0 %	188574273
57	NC_010717	GGC	2	6	4232	4237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574273
58	NC_010717	TGC	2	6	4240	4245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574273
59	NC_010717	TG	3	6	4338	4343	0 %	50 %	50 %	0 %	188574273
60	NC_010717	GTG	2	6	4355	4360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574273
61	NC_010717	GCG	2	6	4392	4397	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574273
62	NC_010717	GTG	2	6	4398	4403	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574273
63	NC_010717	CCG	2	6	4408	4413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574273
64	NC_010717	GC	4	8	4480	4487	0 %	0 %	50 %	50 %	188574273
65	NC_010717	GC	3	6	4518	4523	0 %	0 %	50 %	50 %	188574273
66	NC_010717	CG	3	6	4778	4783	0 %	0 %	50 %	50 %	188574273
67	NC_010717	CAAGC	2	10	4838	4847	40 %	0 %	20 %	40 %	188574273
68	NC_010717	GCCT	2	8	4859	4866	0 %	25 %	25 %	50 %	188574273
69	NC_010717	AGA	2	6	4879	4884	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	188574273
70	NC_010717	AGCGA	2	10	4896	4905	40 %	0 %	40 %	20 %	188574273
71	NC_010717	GAC	2	6	4925	4930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574273
72	NC_010717	CAC	2	6	4952	4957	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	188574273
73	NC_010717	GC	3	6	4961	4966	0 %	0 %	50 %	50 %	188574273
74	NC_010717	CCCG	2	8	5023	5030	0 %	0 %	25 %	75 %	188574273
75	NC_010717	CGA	2	6	5231	5236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
76	NC_010717	TGC	2	6	5290	5295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
77	NC_010717	GGT	2	6	5381	5386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574274
78	NC_010717	CGA	2	6	5399	5404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
79	NC_010717	CGA	2	6	5423	5428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
80	NC_010717	GAA	2	6	5508	5513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	188574274
81	NC_010717	TGC	2	6	5545	5550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
82	NC_010717	CGG	2	6	5555	5560	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
83	NC_010717	CGA	2	6	5567	5572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
84	NC_010717	CGG	2	6	5591	5596	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
85	NC_010717	GGT	2	6	5618	5623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574274
86	NC_010717	CAG	2	6	5679	5684	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
87	NC_010717	AGC	2	6	5719	5724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
88	NC_010717	CAC	2	6	5747	5752	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	188574274
89	NC_010717	GGCGC	2	10	5813	5822	0 %	0 %	60 %	40 %	188574274
90	NC_010717	CGA	2	6	5870	5875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
91	NC_010717	CGA	2	6	5894	5899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
92	NC_010717	GGC	2	6	5913	5918	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
93	NC_010717	CGC	2	6	5956	5961	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
94	NC_010717	TGG	2	6	6007	6012	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574274
95	NC_010717	CAA	2	6	6065	6070	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	188574274
96	NC_010717	GGC	2	6	6087	6092	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
97	NC_010717	CCGCG	2	10	6110	6119	0 %	0 %	40 %	60 %	188574274
98	NC_010717	CG	3	6	6124	6129	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
99	NC_010717	GAC	2	6	6192	6197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
100	NC_010717	CGG	2	6	6295	6300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
101	NC_010717	GC	3	6	6318	6323	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
102	NC_010717	CGAA	2	8	6349	6356	50 %	0 %	25 %	25 %	188574274
103	NC_010717	TCG	2	6	6379	6384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
104	NC_010717	CG	3	6	6389	6394	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
105	NC_010717	GC	3	6	6396	6401	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
106	NC_010717	CG	3	6	6407	6412	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
107	NC_010717	GC	3	6	6417	6422	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
108	NC_010717	CGC	2	6	6432	6437	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
109	NC_010717	GC	3	6	6442	6447	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
110	NC_010717	TGC	2	6	6583	6588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
111	NC_010717	GC	3	6	6621	6626	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
112	NC_010717	CGA	2	6	6695	6700	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
113	NC_010717	ACC	2	6	6724	6729	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	188574274
114	NC_010717	CAT	2	6	6731	6736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574274
115	NC_010717	TGA	2	6	6739	6744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	188574274
116	NC_010717	CCGACG	2	12	6745	6756	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	188574274
117	NC_010717	CTT	2	6	6791	6796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	188574274
118	NC_010717	CTACAT	2	12	6830	6841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574274
119	NC_010717	GCC	2	6	6848	6853	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
120	NC_010717	GCG	2	6	6945	6950	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
121	NC_010717	CGA	2	6	6965	6970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	188574274
122	NC_010717	GCC	2	6	6971	6976	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
123	NC_010717	ACT	2	6	7001	7006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	188574274
124	NC_010717	GCT	2	6	7007	7012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
125	NC_010717	GC	3	6	7038	7043	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
126	NC_010717	GCC	2	6	7091	7096	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
127	NC_010717	GCAG	2	8	7154	7161	25 %	0 %	50 %	25 %	188574274
128	NC_010717	CG	3	6	7187	7192	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
129	NC_010717	TGG	2	6	7240	7245	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	188574274
130	NC_010717	CCG	2	6	7250	7255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	188574274
131	NC_010717	GAA	2	6	7266	7271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	188574274
132	NC_010717	TGC	2	6	7282	7287	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	188574274
133	NC_010717	GCG	2	6	7306	7311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	188574274
134	NC_010717	GC	3	6	7366	7371	0 %	0 %	50 %	50 %	188574274
135	NC_010717	CAA	2	6	7385	7390	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	188574274
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254	NC_010717	CGCGC	2	10	12932	12941	0 %	0 %	40 %	60 %	188574280
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